男性结石患者最典型的临床表现为腰痛伴有血尿，典型的泌尿系结石发作时会出现明显的腰痛，称为肾绞痛，同时会伴有恶心、呕吐等消化道症状。
患者化验尿常规会有尿红细胞阳性，甚至出现肉眼血尿，一旦结石合并感染，有些患者还会出现寒战、发热等急性炎症的表现。
而位于肾脏的结石，多数患者没有明显腰痛表现，仅仅在B超检查时发现，或者在化验尿常规时，提示有尿潜血存在。
而膀胱和尿道的结石，临床症状常常与排尿相关，如尿频、尿急、尿痛，伴有不同程度的肉眼血尿，甚至排尿不畅、尿流中断等。