阿托品被经常应用于眼科，在眼科方面的作用，有以下几方面：
第一、应用于虹膜睫状体炎，阿托品能够松弛瞳孔括约肌、睫状肌，解除睫状肌痉挛，减少炎症组织反应，可以使睫状肌得到充分的休息、松弛，有利于炎症的消退。又因其扩瞳作用，使虹膜退向边缘，防止虹膜与晶状体的粘连。
第二、阿托品也用于眼底的检查，但是因其扩瞳的作用维持时间较长，视力恢复较慢，临床上一般应用复方托吡卡胺进行眼底检查比较常见。
第三、由于阿托品有睫状肌松弛的作用，因此经常用于验光。儿童的睫状肌调节功能较强，需用阿托品充分发挥调节麻痹的作用。