通常情况下，服用益生菌冻干粉的最佳时间不固定，在餐前或餐后服用都可以。
一般来说，益生菌冻干粉，如肠益生菌，在餐前或餐后服用都可以。益生菌是一些活菌，服用时水的温度不能过高，不能超过40℃，水温过高会把肠益生菌杀死。另外，由于它是活菌，要避免和广谱的抗菌药物同时服用。通常情况下，服用益生菌时要和常用的广谱抗菌药物间隔4小时，才能够保证这些活菌在体内调整肠道菌群，解决急、慢性腹泻或消化不良的症状。
益生菌的活性随着温度的升高而增加，进入发酵过程，在室温下长期储存很容易引起产品口味的变化。因此，益生菌产品优选在冷藏条件下取出后直接服用，或用低于40℃的温水冲泡。