卵巢囊肿根据患者的年龄、临床症状、类型和大小，医生会选择不同的方法治疗，具体如下：
第一、临床上发现有囊肿没有任何症状，而且比较小，医生会告诉患者观察，如果囊肿可以自行消失，就不需要治疗。
第二、体积较小的囊肿，医生会给予药物，中药有桂枝茯苓胶囊可以用。
第三、如果卵巢囊肿比较大，而且存在继续增大，有恶变的可能，或者以后出现卵巢囊肿、卵巢囊肿发生破裂、囊肿扭转需要及时手术治疗。
第四、一般患者没有什么自觉症状，囊肿也比较小，或者其内充满液体，医生可让观察，看囊肿几个月内是否有自行消失。同时，医生建议定期到医院去做检查，做B超看是否有改变。
第五、药物治疗，没有手术指征的囊肿，可以采用中西药保守治疗，根据囊肿的性质来决定，如内膜囊肿可服短效口服避孕药，巧克力囊肿可以吃。如果怀疑为炎性囊肿，可服用抗生素或中药，活血化瘀来治疗。
第六、如果囊肿体积比较大，大约5cm以上，观察3-6个月以后，囊肿还持续存在，而且囊肿长得比较快，囊肿破裂或扭转等需要急症手术，医生会根据情况考虑手术或者是观察。