功能性消化不良是一组有持续的，或者反复发作的上腹部疼痛，或者上腹部不适等消化不良症状，要经过生化内镜以及影像学检查，排除器质性疾病，方可诊断是临床症候群。
根据不同症状的临床表现，可以进一步分为餐后不适综合征，主要表现为早饱或餐后饱胀感。还有上腹痛综合征，主要表现为疼痛或上腹部的烧灼感。还有嗳气症，主要表现为吞气症和非特异性嗳气，还有功能性恶心、呕吐，以及反刍综合征等，都可以称为功能性消化不良，也称为功能性胃十二指肠疾病。
功能性消化不良，诊断要点包括：第一、符合以下一项或多项，症状包括四类，即餐后饱胀、早饱、上腹痛、上腹部烧灼感；第二、无解释症状的器质性病变；第三、过去三个月内出现症状，而且诊断前症状出现至少六个月。