益生菌是用来调节肠道菌群的，在我们的整个消化道中结肠中含有的细菌数量是最多的，因此益生菌发挥作用的场所主要是结肠，益生菌的种类有很多，比如地衣芽孢杆菌、枯草杆菌、双歧杆菌等等。
益生菌的效果大同小异，都是通过增加有益菌的数量来压抑有害菌的生成，从而恢复肠道菌群的平衡，来治疗因为菌群失衡造成的腹泻、消化不良等症状。
需要注意的是益生菌不能与抗生素同时服用，二者的作用会相互抵消，因为抗生素是用来杀菌的，不能很好的区分有害菌和有益菌，同时服用会削弱益生菌的作用。