肠镜的检查具有一定的痛苦性，首先患者要喝泻药及大量的水，应该在2-4L左右。本身喝泻药的过程就具有一定的痛苦，有些患者可能会导致呕吐。在排便的过程中，因为大量的肠液排出，有可能会使肛门周围的黏膜破损，从而出现肛门部的疼痛。
在做肠镜的过程中，因为肠镜要通过肛门逆行进入到回肠末段，在进镜的过程中会有一定的痛苦，但其痛苦性每个人感觉差异会非常的大。对于体型比较适中，而既往腹部也没有做过手术，腹腔内也没有发生过炎症的病人，做起来疼痛会比较小；而对于腹部曾经做过手术，肠腔里会有粘连，以及体型上过胖或者过瘦的病人，肠镜的痛苦性都会比一般人要大。