脑死亡和植物人是不同的，脑死亡指包括脑干在内的全脑死亡。脑死亡的病人是没有自主呼吸的，脑电图会表现为一条直线。植物人是除了保留本能的神经反射，除了进行物质以及能量的代谢能力以外，认知能力已经完全丧失，没有任何主动的活动，又称植物状态或者不可逆性昏迷。
植物人的脑干是具有功能的，能够向体内输送营养，还能进行消化和吸收，并可以利用这些能量以维持身体的代谢，包括呼吸、心跳、血压等等。植物人对外界的刺激会有一些本能的反射，比如咳嗽、打哈欠、打喷嚏等，但机体没有意识、知觉、思维等特有的高级神经活动，脑电图会呈现杂乱的电波。