肠虫清是一种驱虫药，与其他药物一样都有不良副作用。用药以后有可能会出现恶心、呕吐、腹泻、口干、乏力、发热、皮疹或头痛等不良症状，一般停药后可自行消失。 在治疗蛔虫病时可能会有口吐蛔虫的现象，但并不多见。
需要注意的是肠虫清是孕期禁用药物，有肝肾功能障碍的人也不能服用，以免出现问题。在用药期间也不要吃辛辣的食物，容易增加症状，平时需要注意饮食卫生，出现体内寄生虫，大部分原因还是因为饮食与家庭生活环境不卫生造成的，尽量避免。