脑囊虫病的治疗方法包括应用药物抗寄生虫治疗、手术治疗，以及针对颅内压增高而引起的脱水、降颅压治疗，和针对并发症的对症治疗。
抗寄生虫药物包括广谱的抗寄生虫药物吡喹酮和阿苯达唑。一般来应用抗寄生虫药物后，死亡的囊尾蚴会引起严重的急性炎症反应和脑水肿，导致颅内压急剧增高，有可能会诱发脑疝。
因此用药过程中必须严格的监测，并且必要时给予脱水、降颅压降低颅内压。
如果对于单个病灶，尤其是在脑室内的病灶，阻塞脑脊液循环时，可以采取手术治疗切除包囊的方法。
如果并发脑积水，可以行脑脊液分流术来缓解症状。
如果患者出现了癫痫的表现，可以应用抗癫痫药物控制发作，如果患者伴有发热等情况，可以给予对症退热治疗。