CT对心包囊肿具有重要诊断价值，囊肿可出现在心包的不同位置，大部分是位于心包的右侧，少部分会出现在左侧，还有很少一部分可以靠近上纵隔、肺门，甚至左侧心尖部。
在CT上可发现心包处可有单房、均值的类圆形、囊性密度影，CT值不高，约为0-20，密度均匀较淡。囊的形态类圆形，壁薄而光滑，有时可见到钙化斑点。动态检查时此囊肿与心影部分开，可有传导性搏动表现。
做胸部CT可以观察到囊肿的大小、位置以及特征，相较于X线，对心包囊肿具有临床诊断意义。但是CT检查心包囊肿时需要与其他一些囊性病变相鉴别，比如支气管囊肿、膈肌囊肿等。