子宫内膜异位症不孕率高达40%，引起不孕的原因非常复杂，比如盆腔微环境改变影响精卵结合及运送，免疫功能异常导致抗子宫内膜抗体增加，而破坏子宫内膜正常的代谢以及生理功能，而卵巢功能异常也导致排卵障碍和黄体形成不良等。
此外，还有未破裂卵泡黄素化综合征，在内异症患者中也有较高的发病例，而且中重度患者可因卵巢输卵管周围的粘连，而使受精卵运输困难，都容易导致不孕，同时也会出现性交不适的感觉，也引起一定程度的降低受孕机会，有些月经异常还有月经量过多、月经期延长等。