孤独症的原因有很多，直到目前病因还不完全清楚，可能与以下因素有关：
1、遗传因素：据临床上资料显示，孤独症的发病往往有遗传史，孤独症常常与遗传有高度的相关性，遗传率要达到80%-90%。
2、与病毒与免疫学的原因有关：如果是病毒潜伏在中枢神经，会造成患者蛋白质异常，可以激活机体的免疫系统进行免疫应答。
3、与神经、生化和神经内分泌的因素有关。
4、与围生期有关：比如宝宝在出生的时候，有缺氧缺血性脑病、窒息、脑部有轻微的损伤，都会造成孤独症。
另外，孤独症常常还有一些不明原因，与后天的家庭的环境也有关系，孤独症的发病往往有遗传史，有些孩子有免疫功能紊乱、神经发育异常，都会出现孤独症的情况。但是它常见的诱发因素，是妈妈在怀孕初期的不利因素，比如妈妈是高龄产妇，或在怀孕期间出现了先兆流产，再就是有病毒感染，围生期出现了缺血缺氧性脑病，这些都会造成孩子的孤独症。