卡介苗多糖核酸主要的副作用，就是在打针的过程中可能造成局部的红肿热痛，或者是一些过敏反应。
卡介苗多糖核酸采用卡介苗经过处理后提取的多糖核酸类物质，具有一些活化的巨噬细胞，增强T细胞和B细胞介导的细胞免疫和体液免疫的功能。在一些反复出现慢性支气管炎或者是一些支原体肺炎的时候，会有辅助的治疗作用。它的作用主要是在辅助的作用，并没有明确治疗支气管肺炎、支气管哮喘，或者是支原体肺炎的直接作用，它只是起到辅助的作用。
在使用的过程中因为它主要通过肌肉注射，有可能会造成孩子皮肤局部出现感染，或者是出现硬肿。也有一些孩子可能在打针过程中出现低热的情况，还有个别人可能会出现一些过敏反应，所以这个药物的使用不要光看说明书上一些明显的正面作用，一定要在医生的指导下使用，不要自己盲目的使用。