发作性睡病的药物治疗包括三方面：一、应用中枢兴奋剂来治疗日间嗜睡；二、应用抗抑郁药物来改善猝倒症状；三、应用镇静催眠药物来治疗夜间睡眠障碍。具体如下：
一、中枢兴奋剂目前比较推荐的是新型中枢兴奋剂，比如莫达非尼，还可以应用传统的中枢兴奋剂，比如哌甲酯等等。
二、抗抑郁药，对于治疗猝倒起效比较迅速，一般应用选择性5-羟色胺与去甲肾上腺素再摄取抑制剂，比如常见的文拉法辛。
三、镇静催眠药物可以治疗夜间的睡眠障碍，比如可以应用唑吡坦、佐匹克隆、右佐匹克隆，以及短半衰期的苯二氮卓类药物进行治疗。