原发性甲减指由于甲状腺腺体本身的病变所引起甲状腺功能减退，占全部甲减的95%以上，主要是指甲状腺腺体由于各种原因导致甲状腺的腺体细胞、组织被破坏，导致甲状腺激素的合成和分泌不足，从而导致机体的血循环里面的甲状腺激素水平过低。
常见的原因有自身免疫性因素，这是指因为自身免疫性疾病所产生的异常抗体，这些抗体破坏掉甲状腺细胞，从而导致甲状腺激素的合成和分泌不足。
另外甲状腺手术和碘-131治疗都可以破坏甲状腺细胞导致甲状腺激素的合成和分泌不足，亚急性甲状腺炎是由于病毒破坏掉甲状腺组织细胞，导致甲状腺合成的激素不足，从而导致甲减。