巧克力囊肿的治疗方法，应根据患者的年龄、症状、病变部位和范围以及对生育要求加以选择，强调治疗个性化。
症状轻的或者没有症状的轻微病变可选择期待治疗，有生育要求的轻度患者，经过前面的诊断评估后可以加以药物治疗。重者行保留生育功能的手术，年轻无生育要求的重度患者，可行保留卵巢的囊肿剥除术，并辅以性激素的治疗。症状及病变均严重的、没有生育要求的，可以考虑行根治性的手术。
所以，具体的有期待治疗，使用药物缓解症状，也有药物治疗、手术治疗。腹腔镜手术是首选的手术方法，适用于较大的卵巢内膜异位囊肿者，腹腔镜可以确诊进行手术，而且这样的手术和药物联合治疗。