小儿癫痫有很少的一部分跟遗传有关系，是由于基因突变或者染色体异常所引起。遗传性癫痫有一部分为难治性癫痫，因为跟发育异常有关系，大脑皮层的发育异常，以及其他的脏器、器官的发育异常，造成功能障碍、运动感觉功能障碍、器官功能障碍。
有一部分是良性癫痫，一般见于学龄期或学龄前期，学龄期12岁左右，到了青春期可能就不会再发作。这种癫痫通过少量的药物控制，预后非常好，可以治愈。总的来说，小儿癫痫遗传的概率很低，通过治疗一部分良性的可以治愈，另一部分大概20%-30%的患者属于难治性癫痫。