抽动症的主要危害是其引起的功能损害，主要表现为社会适应性困难，因为患儿长期的运动性、发声性抽动，导致社交孤立、受欺负、发生冲动，影响课堂纪律，患儿经常面临来自老师和同学的压力，而导致社交孤立。
部分患儿会出现情绪问题，如抑郁、焦虑、自卑等。还有一部分孩子会出现躯体损伤。其他的还有睡眠质量问题，因为抽动症可以影响入睡困难，导致睡眠不足，而出现白天低觉醒状态。抽动症绝大部分可以缓解，预后一般良好。
少数症状可以迁延不愈，但经过积极治疗，一般不影响学习和生活。有研究表明，绝大部分10岁前起病的抽动症儿童青春期后症状可逐渐减轻，18岁时有半数左右症状能完全消失。
还有一部分仍迁延至成年期，症状虽然不能完全缓解，但是18岁之后，症状和强度一般都能有所减轻。