有些遗传性心脏病是不能够跑步的，例如梗阻性肥厚型心肌病。梗阻性肥厚型心肌病目前认为遗传因素是主要的病因，本病有明显的家族发病的倾向，常合并其他的先天性心血管畸形，病变以心肌肥厚为主要表现，而且心肌肥厚可见于室间隔和游离壁，以前者为甚，常呈不对称性的肥厚，并且室间隔高度肥厚向左心室腔内突出。
收缩时可引起心室流出道的梗阻，这个时候如果去跑步，可能会造成呼吸困难加重，甚至出现头晕、晕厥的可能性，严重的时候可以导致出现猝死的可能。再有一些先天性心脏病也有遗传性因素，一旦先天性心脏病出现心力衰竭，或者艾森曼格综合征，一旦去跑步的话可能会加重心衰，引发不良的后果。