沙眼时不建议配戴隐形眼镜，沙眼主要是衣原体感染，不仅感染在结膜组织，衣原体的毒素可以向深部组织进展，除了上皮细胞，上皮下组织、睑板会产生弥漫性的细胞浸润形成滤泡，甚至形成角膜血管翳。
沙眼病史时间过长以后可以侵犯到泪腺，形成眼表干燥、泪囊炎、角膜溃疡、睑球粘连、睑内翻等一系列的并发症。沙眼的治疗周期也比较长，有时甚至需要局部坚持用药2-3个月。如果沙眼期间配戴隐形眼镜，容易使眼表组织受到进一步的损伤，不利于炎症控制，而且患者也会带来极大的不舒适感。