宫腔镜的副作用包括出血、子宫穿孔、过度水化综合征，还有就是气体栓塞、感染、宫腔或子宫颈管粘连。子宫出血的高危因素包括子宫穿孔、动静脉瘘、子宫颈妊娠、剖宫产瘢痕部位妊娠、凝血功能障碍等，引起子宫穿孔的高危因素包括子宫颈狭窄、子宫颈手术史、子宫过度屈曲、宫腔过小、扩宫力量过强、哺乳期子宫等。
一旦发生子宫穿孔，立即查找穿孔部位，确定邻近脏器有无损伤，决定处理方案。由灌流介质大量吸收引起体液超负荷或稀释性低钠血症，叫做过度水化综合征，如诊治不及时，将迅速出现急性肺水肿、脑水肿、心肺功能衰竭，甚至死亡。