自身免疫性脑炎的症状包括发热、头痛、精神和行为异常、认知障碍、癫痫发作、言语障碍、运动障碍、意识障碍、自主神经功能障碍等，自身免疫性脑炎可以出现发热、头痛等前驱症状，还会出现各种精神、行为的异常，以及记忆力等认知功能的下降。
在NMDA受体脑炎中不自主运动是常见的，包括口面部的不自主运动、肢体的震颤、舞蹈样动作甚至角弓反张。
抗LGI1抗体相关脑炎可以见于肢体的震颤和不自主运动，出现自主神经功能障碍，包括窦性心动过速、流口水增多、窦性心动过缓、低血压、中枢性发热、中枢性低通气等等。
自身免疫性脑炎还会出现各种形式的睡眠障碍，包括失眠、快眼动睡眠期行为异常、日间过度睡眠以及睡眠觉醒周期紊乱等，还会出现周围神经和神经肌肉接头受累的症状等等。