急性胃肠炎需要鉴别是否有细菌或病毒的感染，当然狭义的急性胃肠炎应该是没有细菌、病毒感染的。
如果只是因为进食过于生冷、过饱或者是受凉等因素引起的急性胃肠炎，可以服用中成药，如黄连素、枫蓼肠胃康等。如果腹泻比较严重，在补充电解质的同时可以服用涩肠止泻的药物，如思密达。
如果确定有细菌感染，需要服用抗生素，临床比较常用的抗生素有喹诺酮类，如左氧氟沙星，该药用比较低的剂量就可以，而且疗效很确切，应用药物3-5天就能有明显的效果。
待腹泻症状减轻以后，应继续服用调节肠道菌群的药物，以建立良好的菌群，避免炎症、腹泻的慢性化。急性胃肠炎还应该进食清淡，服用稀粥有利于补充水分和电解质。如果吐、泻很严重，发生脱水的情况，可以口服补液盐。