通常单纯菌群失调不合并阴道炎，1-2周之内即会逐渐恢复正常。如果合并阴道炎，要给予相应的特异治疗。
阴道分泌物检测除了提示阴道炎，也会提示菌群失调，无太大问题，机体通过自身调整，1-2周之内均会恢复正常。菌群失调是阴道炎的先兆，1-2周之后会出现特异性阴道炎表现，如白带增多、有异味或有外阴瘙痒，严重影响到女性正常生活。需复查白带分泌物，提示有特异阴道炎，给予相应特异治疗，但情况相对少见，大部分菌群失调均可以自我修复。出现阴道菌群失调症状后，除要积极治疗外，女性需注意不要过度吃甜食，不要滥用抗生素和洗液，不要久坐和穿紧身裤。
预防阴道菌群失调，患者需做到在清洁私处时尽量用清水洗，不要每天洗澡时用香皂和沐浴清洗外阴，这样会导致外阴干燥，从而引起妇科疾病。不要长期用护垫，否则也会导致阴道菌群失调。