乙脑的主要传播途径是通过粪-口途径，病毒通过胃肠道污染的东西，可以通过手接触，然后在到嘴巴进入胃肠道的传播途径，是最常见的传播途径。
另外，还有一部分患者可以通过直接接触的传播途径，就是患者接触到有感染患者的手或者其他部位造成传染。还有一部分可以在呼吸道内出现乙脑的病毒，这种情况可以称为呼吸道感染，但是比较少见，主要是通过呼吸道再进行传播，但比较常见的还是通过粪-口途径进行传播。