慢性腹泻是一种常见的临床症状，它不是一种单纯的疾病，是指病程在两个月以上的腹泻，或者是间歇期在2-4周内又反复发生的复发性腹泻。它的病因比较复杂，病程迁延不愈，其中病因包括全身性的疾病，如糖尿病，主要与胃肠道的植物神经病变有关，甲状腺功能亢进症是由于代谢增强、肠道蠕动加快、消化吸收不良，而出现了频繁的腹泻，还有慢性肾功能不全、尿毒症的患者也可以出现慢性腹泻。
另外，一些自身免疫性疾病，如系统性红斑狼疮、硬皮病等也可以出现慢性腹泻。肝、胆、胰腺的疾病，这一类疾病主要有肝炎、肝硬化、肝癌，还有慢性胰腺炎、胰腺癌以及胆囊切除术后的患者，也往往可以出现慢性腹泻，主要是与脂肪类食物的消化、吸收欠佳有关系。还有胃肠道疾病，有胃肠道的肿瘤、炎症性肠病，还有功能性的，像肠易激综合征、功能性腹泻等，因为感染性的因素包括有肠结核、阿米巴肠病、慢性菌痢等，药物也可能会引起慢性的腹泻，多种药物和药物间的相互作用可以引发慢性腹泻。