小腿肌间静脉血栓属于轻度的深静脉血栓，因此单纯给予抗凝治疗即可，急性期要卧床休息，抬高肢体，同时配合弹力袜辅助降压治疗，但是小腿的肌间静脉血栓一定要进行肺动脉CTA检查，以除外肺栓塞。
因为很多肌间血栓是因为主干深静脉的血栓已经造成脱落发生肺栓塞，而只残留了肌间血栓，因此对于肌间隙静脉血栓一定要除外是否存在肺栓塞的可能。如果存在肺栓塞，抗凝时间至少三个月以上。
如果不存在肺栓塞，抗凝时间1-2个月即可，并定期复查下肢静脉彩超，如血栓消失，及时停止抗凝即可。当然无手术外伤史的患者，要明确是否存在肿瘤等因素，要查明肌间血栓来源，以针对其原发病进行治疗。