慢性骨髓炎手术禁忌证有：
1、慢性骨髓炎急性发作期间不宜进行病灶清除手术，待进行抗菌治疗，全身症状以及病情稳定后在进行手术。
2、大块死骨形成且周围骨质增生形成的包壳不完整，大多数慢性骨髓炎是因急性化脓性骨髓炎治疗不当或不及时，病情发展的结果。
急性期未能得到及时的治疗形成死骨，虽然脓液得以引流患者全身症状大多消失，但死骨未能排出周围骨质增生形成死腔。
死腔内有炎性肉芽组织和脓液，腔内及附近的瘢痕组织还会有细菌残留，因此病情常常反复发作发展为慢性骨髓炎。如果死骨和病变范围未明确进行手术，往往造成播散或者再次复发。
3、全身状态不好，比如营养不良、心肺功能衰竭、肝肾功能不良。