婴儿痉挛症的死亡率可能达到百分之十几，多数孩子经过治疗之后会有些好转，甚至消失。3岁以后，这种痉挛发作可能会趋于消失。
婴儿痉挛症发病较早，多数预后不是很好，可能会伴有一些智力运动发育落后。痉挛产生的癫痫症状相对比较难控制，或者容易转换成其他类型的发作形式。也有一部分患儿可能转换成全身性的发作，包括像失神发作或强制性发作，所以婴儿痉挛症如果早期发现，应积极进行治疗。大多数孩子可能会遗留一些精神运动发育落后，这种孩子部分会出现早期的死亡现象，但并不是所有的孩子都出现，所以还是有孩子能存活到正常年龄，只有13%的孩子在早期出现死亡。出生之后到1岁左右是比较明显的发作期，容易出现一些死亡的病例。
对于病因不明的可以服用抗癫痫药物、应用促肾上腺皮质激素（ACTH）及强的松、生酮饮食等。对于有明确病灶的，如激素或抗癫痫药物的治疗无效，可考虑手术切除病灶。