治疗心肌炎最好的方法是抗病毒治疗，柯萨奇病毒、流感病毒，包括新型冠状病毒，是引起患者出现心肌炎最主要的病毒，可以通过抗病毒治疗进行心肌炎的治疗，可以应用利巴韦林或者应用某些中药，比如抗病毒口服液等，上述药物可以有效缓解心肌炎病毒对于人体的影响。
另外，建议患者同时配合营养心肌治疗，也可以应用辅酶Q10等药物。心肌炎病毒很多是自限性病毒，一旦侵袭到人体的心肌细胞，一段时间之后病毒就会自行消失。所以，在患者心肌炎病毒自行消失之前，建议一定要营养心肌，尽量减少心肌细胞的死亡。