肌酸激酶和肌酸激酶同工酶的最大区别，肌酸激酶是总称，当中包含了肌酸激酶同工酶，是包含关系。
在临床当中，肌酸激酶同工酶在确诊心肌炎或者心肌梗死的特异性，要比肌酸激酶高，因为可以导致肌酸激酶升高的因素有很多，比如肌溶解、肌损伤、运动过度、发热、肿瘤、严重感染，都有可能导致肌酸激酶的升高。如果患者出现了肌酸激酶同工酶的升高，往往代表一定程度上的心肌损伤。
除此之外，肌酸激酶同工酶还有助于预测目前心肌坏死的面积大致是多少，这也是两者的区别。