如果长期消化不良，要考虑此种消化不良是功能性消化不良。对于功能性消化不良的治疗，目前还没有特效药物，主要是经验性治疗，也就是对症治疗。对于以腹胀、堵塞感、早饱、嗳气、打嗝等为主要症状患者，可选用促进胃肠动力药物，比如多潘立酮、莫沙必利、伊托必利等，帮助消化的药物主要有复方消化酶、健胃消食片、胃蛋白酶等。能消除胃肠道气体，使腹胀得以缓解的药物，临床上最常用的是二甲硅油和西甲硅油。
对以上腹部疼痛、烧心为主的患者，可选用H2受体拮抗剂或质子泵受体拮抗剂，常用H2受体拮抗剂有雷尼替丁、法莫替丁、尼扎替丁，质子泵受体抑制剂主要有奥美拉唑、兰索拉唑、泮托拉唑、雷贝拉唑等。由于功能性消化不良发病常与精神心理因素和饮食生活习惯有关，治疗还需要调整心理状态，改变饮食结构，建立良好的生活方式。