医学上做痰培养的目的是为了了解患者支气管肺部感染是哪一种致病因导致。为了进一步了解患者肺部感染、支气管感染的致病菌，需要做痰培养。如果怀疑是真菌感染、结核杆菌感染、革兰氏阳性球菌感染、革兰氏阴性杆菌感染等，都可以通过痰培养进一步明确。遗憾的是，大多数情况下由于患者不等采集标本做痰培养，临床已经开始使用各种抗生素，以至于痰培养经常是阴性。
有些病原菌很容易在痰培养里被分离和培养出来，而有些致病菌很难通过培养得到或者分离。临床培养出来的病原菌未必是真正的致病菌，没有培养出来的致病菌可能就是致病菌的情况非常常见。大多数情况下，即便做痰培养，需要结合患者的年龄、性别、基础疾病、用药史、伴随症状、体征，综合分析、判断导致支气管肺部感染的致病菌是哪一种，不能单凭痰培养发现病原菌，就一定认为它是真正的致病菌。