扁桃体存在结石的情况只见于很少一部分人，目前扁桃体结石的病因和发病机制还不清楚，可能是扁桃体长期慢性的炎症导致组织粘连，从而导致钙盐沉积。也可能是由于食物残渣、细菌、死细胞、黏液等物质沉积，堵塞扁桃体的隐窝口，随着时间的积累逐渐钙化，形成的一个硬团。如果结石比较明显，可以用棉签等将结石轻轻的刮出来。如果患者感到明显不适或者扁桃体结石的体积较大，采用扁桃体切除消除结石，一般将扁桃体和结石一起切除是最佳的方案，单纯将结石剥离有复发的可能，这是因为结石尤其是较大结石取出术后残留的口袋样间隙容易引起食物残渣，或者异物再次存留。如果患者还患有慢性扁桃体炎，可能会刺激结石引起再次复发。