结肠炎是一大类疾病的总称，造成结肠炎原因有很多，每个疾病治疗方法也不同。
如感染性结肠炎，可以分为细菌感染和病毒感染，细菌感染没有特效的，针对病原体的治疗方法，主要是对症治疗，如补液维持水电解质平衡、止泻治疗。
如果是细菌感染，则针对病原体选择抗生素，应用最多的是喹诺酮类药物和甲硝唑抗厌氧菌的药物。
如果是缺血性结肠炎，本病多见于老年人，治疗方法主要是补液，改善肠道微循环。如果是放射性结肠炎，主要治疗是保护结肠黏膜防止出血。
如果是溃疡性结肠炎，根据病情轻重可以选择5-氨基水杨酸类、糖皮质激素类以及免疫抑制剂治疗。