房室传导阻滞的药物治疗是起搏器的过渡治疗，而并非长期治疗，可以选择的药物首先是阿托品。
阿托品可以通过减少迷走神经过度兴奋，缓解迷走神经兴奋导致的心脏传导阻滞，适用于传导阻滞在房室结的患者，需要较长时间用药，但是二度Ⅱ型房室传导阻滞的患者应该慎用或者禁用。
其次是异丙肾上腺素，异丙肾上腺素可以用于急需提高心率的情况，可以静脉滴注，根据心率的情况控制药量。再次是茶碱缓释胶囊，茶碱缓释胶囊可以反射性的提升心率，可以作为起搏器的过渡治疗药物。
但是患者最终可能都会进行永久性起搏器植入术，而起搏器植入术是房室传导阻滞患者的首选，它可以有效的改善临床症状，防止晕厥及心源性猝死等。