子宫内膜异位症要针对疾病的特征给予适当的治疗，可以采用药物、手术治疗，而手术治疗包括保守性手术和根治性手术。一般来讲，除根治性手术以外，尚无理想的根治方法，无论是药物治疗还是保守性手术，都有相当高的复发率。因此，应根据患者的年龄、症状、体征、病变范围，以及对生育的要求，选择个体化的治疗。其治疗原则主要是症状轻者选用药物治疗，有生育要求、轻度的患者明确诊断后，先给予药物治疗，病情重的可以行保留生育功能手术。年轻的无生育要求的重症患者，可以行保留卵巢功能的手术，并辅以药物治疗。症状及病变严重，没有生育要求的，可以进行根治性手术。
轻度患者可以使用一般的止疼药，或者予以避孕药等方式来进行治疗，同时也可以选用激素类药物治疗，比如避孕药、孕激素类药物、GnRH-a类药物等等。如果是需要怀孕的患者，需要进行手术治疗，手术治疗的目的是明确诊断，进行临床分期，清除内异症病灶、囊肿，分离粘连，即恢复正常解剖结构，治疗不孕，缓解疼痛，主要包括附件包块切除、附件切除。另外，根治性手术可以进行子宫及附件切除手术。