跖疣的治疗以液氮冷冻、CO2激光烧灼、局部注射抗病毒药物等。对于轻症的或刚发现的跖疣，可以先观察1-2个月，有一定的自愈几率，也可以直接治疗。其中，液氮冷冻是用极低温的液氮冻伤、冻死疣体和疣体表面的组织，让它结一个水泡，水泡脱落后跖疣即可治愈。
CO2激光是用激光的热效应，将病变的疣体烧灼去除，也有一定的疼痛感，但可以打局部麻醉药，也不会起水泡。也可以用局部注射的方法，每周1次，连续3-4周，有疼痛，无水泡。中医也有用鸦胆子油外涂疣体的方法。