卵巢囊肿的治疗，要依据卵巢囊肿的性质来决定，可能是良性、生理性，也可能是恶性，所以要先确诊卵巢囊肿的良恶性。如果在月经排卵后，月经的后期发现了卵巢囊肿，超声提示可能是黄体，不着急治疗。要观察三个月经周期，有时候会自然消退，所以不着急治疗。如果是良性的卵巢囊肿，囊肿大于5cm，要按照卵巢囊肿的治疗。
卵巢囊肿如果是恶性，超声检查囊肿有强回声，考虑有卵巢囊肿的恶性状态，需要进一步检查。可以查血的肿瘤系列，查CA12-5，如果指标较高，考虑是恶性囊肿，恶性囊肿无论多大，都要做治疗。再有就是巧克力囊肿，多见于子宫腺肌症、子宫内膜异位症造成的巧克力囊肿。巧克力囊肿小于5cm就观察，大于5cm要做肿瘤系列的检查，除外巧克力囊肿的恶变。