扁桃体结石的手术就是将扁桃体切除，扁桃体结石并不是所有的都是需要做手术。对于轻度的患者，可以药物治疗、保守治疗。扁桃体结石是对于慢性扁桃体炎隐窝型的患者，经常会在隐窝口出现黄白色的颗粒样东西，可能会并发厌氧菌的感染，会有臭味。同时会有咽部异物感，磨的感觉，可能有口臭、口腔异味等等症状。
如果症状不明显，可以养成经常漱口。如果颗粒样的东西比较多，也可以拿钝的，比如筷子头来轻轻拨出，或者到医院进行隐窝口的灌洗，或者医生用专业的器械将结石取出。如果反复长扁桃体结石很难耐受，咽异物感或者口臭、口腔异味症状比较明显，就可以将扁桃体切除，做扁桃体切除手术。手术大多数情况是在全麻下进行，用微创的器械，将有问题的扁桃体做彻底的切除。