真菌性鼻窦炎首选手术治疗，药物治疗一般是无效的，需要根据术后的病理学检查，决定进一步的治疗计划。对于非侵袭性的真菌性鼻窦炎，在手术过程中会发现鼻窦内有真菌球组织，在清除病变后，建立比较宽畅的通气引流，保留正常的鼻窦黏膜或骨壁，一般症状都能够逐渐的恢复，术后也不需要使用任何的药物。对于合并有过敏反应性质的，如反复打喷嚏、流鼻涕，术后需要使用糖皮质激素类的药物有效的控制病情，以糖皮质激素作为首选，因为是直接作用于鼻腔黏膜表面，不容易产生全身副作用，而且具有良好的抗炎、抗过敏作用。对于侵袭性真菌性鼻窦炎，术后必须使用抗真菌药物，即使有一定的全身副作用，也应该在定期复诊的情况下使用药物，因为如果是急性期，可能会造成其他部位的真菌感染或者危及生命。