霉菌性阴道炎容易反复发作，如果治疗不彻底，可以导致复发性霉菌性阴道炎。根治霉菌性阴道炎的方法有很多，如下：
第一、祛除病因，滥用广谱抗生素，卫生习惯不好，性伴侣感染，或者是治疗不彻底，容易导致霉菌性阴道炎发作。
第二、某些情况也是霉菌性阴道炎发作的重要原因，如糖尿病控制不好、妊娠、服用激素等等，祛除病因以后还要选择敏感的药物，比如使用剂量要足够，药物要敏感。如果是反复发作，需要进行药敏试验。如果初次治疗，可以根据情况来进行药物的选择，必要的时候性伴侣要同时治疗。
第三、所用的卫生用品要在阳光下照射，内裤要注意清洁，同时要放置阳光下。
治疗以后，在下次月经干净后要进行复查，必要的时候要巩固治疗，连续复查三次均为阴性才算治愈。