抗甲状腺过氧化物酶抗体增高，提示机体发生了自身免疫性疾病。机体把甲状腺当成抗原，产生了自身的抗体，包括抗甲状腺过氧化物酶抗体、球蛋白抗体以及促甲状腺激素受体抗体。
最常见的是发生了桥本甲状腺炎以及弥漫性甲状腺肿伴甲状腺功能亢进症，只是桥本甲状腺炎时抗体升高的程度要比甲亢的程度要高的很多。如果患者没有出现甲状腺的疾病，只是出现抗体升高，可能发生了其它自身免疫性疾病，应该注意进一步的检查。在桥本甲状腺炎时如果只是抗体升高，没有出现甲减的症状时，一般不需要处理，当发生甲减时应该给予左甲状腺激素替代治疗。