先天性心脏病一般以介入或外科手术治疗为主，药物治疗只能缓解症状，并不能治愈先心病，一般的治疗分为休息、减少体力活动、减少心脏对外周器官的供血。如果孩子出现缺氧的状况，可以吸氧。
对于先天性心脏病药物治疗只能缓解一些症状，减轻病程的发展进程，并不能治愈先心病。如果发生心衰，可以用利尿剂和强心剂，可以用血管扩张剂。还有手术治疗，传统的手术治疗是心脏外科手术治疗，根据病情及孩子的年龄可选择正中切口和腋下小切口，术后可能出现胸疼、胸骨畸形、切口感染等并发症。还有姑息手术治疗，对无法一次性根治手术的严重复杂的先心病，或者患儿年龄过小、体质太差、病情严重，根据进行根治手术病例死亡率及发病率高，可倾向于先进行减症手术，就是姑息手术，姑息手术治疗的目的在于改善心肾功能，待条件成熟后再行根治手术。
目前开展胸腔镜手术，胸腔镜手术一般1993年已经开始了。还有介入的治疗，介入疗法现在应用的也比较多。