肠系膜静脉血栓一旦形成常常愈后非常差，甚至差于肠系膜动脉血栓，而且会很早出现肠管的坏死，所以对于怀疑肠系膜血栓的病人应尽早进行检查及诊断。
肠系膜血栓的病人常常在初发疾病时，会出现恶心、呕吐以及渐进性加重的腹痛，有时会便血，要高度警惕肠系膜血栓的情况。
如果出现了这种情况可以进行彩超检查或CTA血管造影明确诊断，诊断明确后应尽早使用抗凝药和溶栓药进行治疗。
如果病人出现反跳痛、肌紧张等急腹症的症状，应该尽早进行手术切除坏死肠管，以防止发生弥漫性腹膜炎引起病人中毒性休克死亡。