新生儿在出生之前的胎儿期处于缺氧的环境中，红细胞的数量会代偿性增加，而出生以后血氧分压会升高，过多的红细胞大量破坏，产生的胆红素会明显增加，如果超过机体的代谢能力，就会出现黄疸。
而且刚出生的新生儿常有不同程度的酸中毒，可以减少胆红素和白蛋白的连接，从而造成黄疸。早产儿胎龄越小，白蛋白含量也越低，结合胆红素的量也越低，所以黄疸会更明显。
另外新生儿的肝酶活性比较低，红细胞处理胆红素的能力也比较差，出现暂时性的肝内胆汁淤积。
而且新生儿的肠蠕动比较差，肠道菌群也没有建立，肠道里含有一种β-葡萄糖醛酸苷酶，这种酶活性比较高，可以将结合胆红素转变为未结合胆红素，又可以在肠道重吸收。
另外胎粪中含有的胆红素是比较多的，如果胎粪排泄延迟，也可以引起胆红素重吸收增加，造成黄疸。
其他的还有病理性黄疸，比如红细胞增多症、溶血、感染，还有其他的一些疾病，包括甲状腺功能低下、新生儿肝炎、胆道闭锁等都可以造成孩子出现病理性黄疸。