肉毒梭菌毒素食物中毒的症状，在临床上以神经系统症状为主，如眼肌和舌肌麻痹，如果抢救不及时，病死率很高。肉毒梭菌中毒的潜伏期一般在12-36小时，最短可短至两小时，最常可长达8-10天，潜伏期越短，病情越重。肉毒梭菌中毒的临床症状轻重不一，轻者仅有轻微不适，重者可在24小时之内死亡，一般起病急剧，以中枢神经系统症状为主，肠炎症状缺如或轻微。初发时全身软弱、头痛、头晕，然后出现眼睑下垂、瞳孔扩大、复视、斜视，以及眼内外肌瘫痪。重症患者可出现吞咽、咀嚼、言语、呼吸等困难，还有声音嘶哑或失音、抬头困难、动作共济失调，但肢体完全瘫痪者较少，可出现腹胀、尿潴留，以及唾液、泪液减少，体温大多正常，患者大多神志清楚，感觉正常，死亡多是呼吸中枢麻痹、心力衰竭或继发性肺炎所导致。
肉毒梭菌食物中毒是一种神经型细菌性食物中毒，它是由于进食了含有肉毒梭菌外毒素的食物而引起的中毒性疾病。