小孩子补牙一般没有什么危害，只是存在一些风险。儿童活泼好动、不肯配合，在磨除牙体组织，制备洞型时裂钻可能会划伤软组织，形成溃疡。有时进行根管预备，扩大针、拔髓针、根管锉等可能扎伤颊、舌黏膜，可应用橡皮障防止以上现象发生。
哭闹不止的儿童唾液分泌量较多，可能引起误吸或呛咳，少数情况下会发生棉球进入气管，产生窒息的危险。针对配合性较差的患儿，可在局麻下或全麻下一次性完成所有牙齿的治疗，为防止充填物脱落，也可进行金属预成冠修复。