卵巢囊肿手术的危害是可能会有出血、损伤，出现粘连的情况。一般卵巢囊肿需要实行腹腔镜手术或开腹手术，以明确诊断和治疗。囊肿的体积＞5cm，随访3-6个月后囊肿持续存在，怀疑囊肿扭转或者囊肿破裂。
绝经后妇女新出现卵巢囊肿，需要根据患者的病情以及囊肿是否存在癌变的风险实行手术，包括囊肿的剥除、卵巢的切除、附件的切除、卵巢和输卵管的切除。手术后需要进行常规的病理学检查，预防粘连的发生，还需要动态的观察和复查超声。